Người Pygmy được xem là những người đầu tiên định cư ở vùng đất mà ngày nay thuộc Gabon vào khoảng năm 7.000 TCN trở về sau. Sau đó, các nhóm sắc tộc sử dụng ngôn ngữ Bantu từ Nam và Đông Phi đến cư ngụ.

Hiện nay, có nhiều nhóm sắc tộc sống tại Gabon, trong đó người Fang chiếm khoảng 25% dân số.

Những người châu Âu đầu tiên đến vùng này vào thế kỷ XV. Năm 1472, các nhà hàng hải Bồ Đào Nha đến vùng cửa sông Como và đặt tên là "Rio de Gabao", nghĩa là sông Gabon, về sau được dùng đặt tên nước. Người Hà Lan đến đây năm 1593 và người Pháp năm 1630. Trong thế kỷ XVII và đầu thế kỷ XVIII, người châu Âu đã biến nơi đây thành trung tâm buôn bán nô lệ, ngà voi và gỗ mun. Năm 1815, Hội nghị Viên bãi bỏ chế độ nô lệ, nhưng Pháp vẫn còn một số quyền lợi khi được chỉ định để một số tàu thuyền ở lại để loại trừ các cuộc buôn bán nô lệ bất hợp pháp.

Năm 1849, thành phố Libreville được thành lập với những người nô lệ giải phóng đến định cư tại đó. Năm 1886, Gabon trở thành thuộc địa của Pháp và là một trong bốn vùng lãnh thổ châu Phi Xích đạo thuộc Pháp (1910).

Gabon giành độc lập năm 1960. Léon M'Ba được bầu làm Tổng thống năm 1961. Từ năm 1967, Omar Bongo trở thành nhà lãnh đạo mới của đất nước. Năm 1968, Bongo cho giải tán Đảng Khối Dân chủ Gabon và lập nên một Đảng duy nhất là Đảng Dân chủ Gabon (PDG). Ông liên tiếp được bầu làm Tổng thống vào năm 1975, và tái đắc cử vào các năm 1979 và 1986.

Năm 1990, các biện pháp khắc khổ đã gây nên tình hình xã hội bất ổn. Bongo kêu gọi sự giúp đỡ của quân đội Pháp và thông qua thể chế đa đảng. Tuy nhiên, điều này cũng không thể ngăn cản Bongo giành thắng lợi trong các cuộc bầu cử Tổng thống năm 1993 và năm 1998.

Tổng thống Bongo tiến hành các biện pháp khắc khổ mới và tiếp nhận sự giúp đỡ của Quỹ Tiền tệ Quốc tế năm 2000.

Ngày 6 tháng 6 năm 2009, tổng thống Bongo từ trần sau khi nắm quyền đất nước 32 năm, thay thế ông tạm thời là Rose Francine Rogombe, chủ tịch hạ viện Gabon. Sau đó, vào cuộc bầu cử vào tháng 8 năm 2009, con trai của cố Tổng thống Bongo đã đắc cử và trở thành Tổng thống hiện nay của Gabon.